После смерти Лжедмитрия на престол вступил боярский царь Василий Шуйский (1606 - 1610). Он дал оформленное в виде крестоцеловальной записи (целовал крест) обязательство сохранить привилегии боярства, не отнимать у них вотчин и не судить бояр без участия Боярской думы. Знать теперь пыталась разрешить создавшиеся глубокие внутренние и внешние противоречия с помощью боярского царя.
Патриарх Игнатий за поддержку Лжедмитрия I был лишен своего сана. Патриарший престол занял выдающийся патриот 70-летний казанский митрополит Гермоген.
С целью пресечения слухов о спасении царевича Дмитрия его останки были перенесены по приказу Василия Шуйского через три дня после коронации из Углича в Москву. Царевич был причислен к лику святых.
К лету 1606 г. Василию Шуйскому удалось укрепиться в Москве, однако окраины страны продолжали бурлить. Политический конфликт, порожденный борьбой за власть и корону, перерос в социальный. Народ, окончательно потеряв веру в улучшение своего положения, вновь выступил против властей. В 1606 – 1607 гг. вспыхнуло восстание под предводительством Ивана Исаевича Болотникова, которое многие историки считают пиком Крестьянской войны начала XVII в.
Иван Исаевич Болотников был боевым (военным) холопом князя Телятевского. От него он бежал к донским казакам, был захвачен в плен крымскими татарами и продан в рабство в качестве гребца на турецкую галеру. После разгрома турецкого флота немецкими кораблями И.И.Болотников оказался в Венеции, откуда через Германию и Польшу попал в Путивль. В Путивль И.И.Болотников прибыл в качестве воеводы царя Дмитрия.
Это произошло после встречи И.И.Болотникова в Самборе в замке Мнишков с похожими на Лжедмитрия I Михаилом Молчановым, бежавшим из Москвы и выдававшим себя за спасшегося царя. И.И.Болотников получил от Молчанова грамоту, скрепленную государственной печатью, в которой он назначался воеводой царя (печать выкрал из Москвы Молчанов), саблю, шубу и 60 дукатов.
Опорой И.И.Болотникова стала Комаринская волость. Здесь в районе города Кромы скопилось много казаков, поддержавших Лжедмитрия I, освободившего этот край от налогов на 10 лет. Став во главе казацких отрядов, И.И.Болотников из Кром двинулся на Москву летом 1606 г. вскоре небольшой отряд Болотникова превратился в мощное войско, в состав которого вошли крестьяне, жители городов и даже недовольные боярским правительством отряды дворян и казаков во главе с П.Ляпуновым, Г.Сумбуровым, И.Пашковым. Воеводы Путивля (князь Г.Шаховский) и Чернигова (князь А.Телятевский), связанные с Лжедмитрием I, подчинились «царскому воеводе». Выступая как воевода царя Дмитрия Ивановича, слух о спасении которого вновь ожил в годы правления Василия Шуйского, И.И.Болотников разбил правительственные войска под Ельцом, овладел Калугой, Тулой, Серпуховом.
В октябре 1606 г. армия И.И.Болотникова осадила Москву, расположившись у села Коломенское. В это время на стороне восставших было более 70 городов. Два месяца длилась осада Москвы. В решающий момент измена дворянских отрядов, перешедших на сторону Василия Шуйского, привела к разгрому армии И.И.Болотникова. добиваясь поддержки бояр и дворян, Василий Шуйский в марте 1607 г. издал «Уложение о крестьянах», вводившее 15-летний срок сыска беглых.
И.И.Болотников был отброшен к Калуге и осажден царскими войсками. С помощью пришедшей с Терека по Волге повстанческой армии «царевича Петра» (так называл себя холоп Илья Горчаков – Илейка Муромец) И.И. Болотников вырвался из осады и отступил к Туле. Трехмесячную осаду Тулы возглавил сам Василий Шуйский. Река Упа была перегорожена плотиной и крепость затоплена. После обещания В.И.Шуйского сохранить жизнь восставшим те открыли ворота Тулы. Царь жестоко расправился с повстанцами. Болотников был ослеплен, а затем утоплен в проруби в городе Каргополе. Илейка Муромец был казнен в Москве.
В восстании И.И.Болотникова принимали участие представители разных социальных слоев – крестьяне, холопы, посадское население, казачество, дворяне и другие служилые люди. Важную роль на всех этапах восстания сыграло казачество. Обладая оружием, имея военный опыт, крепкую организацию, оно составило ядро армии восставших.
