В конце XVI века правительство приняло ряд постановлений, приведших на практике к закрепощению крестьян. В 1581 г. впервые были введены «заповедные лета» - годы, в которые запрещался переход крестьян даже в Юрьев день (от слова «заповедь» - запрет). До сих пор не совсем ясно, вводились ли заповедные годы на территории всей Руси или в отдельных землях. Неясна также периодичность их введения.

На 80 – 90-е гг. XVI века приходится составление писцовых книг. Все население к 1562 г. было включено в специальные книги и появилась возможность установить, кому из феодалов принадлежали крестьяне. Тогда, по мнению ряда историков, и был издан специальный указ о запрещении крестьянских переходов, что означало установление крепостного права.

В 1597 г. впервые был принят указ о сыске беглых крестьян. Крестьяне, бежавшие после составления писцовых книг 1592 г. (срок сыска – 5 лет), должны были возвращаться прежнему владельцу. В 1607 г. по «Уложению» царя Василия Шуйского срок сыска беглых устанавливался в 15 лет. Те, кто принимал беглых крестьян, подвергались штрафу в пользу государства и выплачивали компенсацию старому владельцу.

В 1597 г. кабальные холопы (люди, попавшие в рабство за долги), лишались права стать свободными после выплаты долга и закреплялись за своими владельцами-кредиторами. Добровольные холопы (люди, служившие по вольному найму) превращались после полугода работы в полных холопов. И кабальные, и вольные холопы становились свободными только после смерти господина.

Государство должно было обеспечить розыск и возвращение беглых крестьян к их владельцам. Введение государственной системы крепостного права привело к резкому обострению социальных противоречий в стране и создало базу для массовых народных выступлений. Обстановка в России накалилась. Обострение социальных отношений – одна из причин смутного времени.

Другой причиной смуты стал династический кризис. Опричнина не разрешила до конца разногласия внутри господствующего класса. Она укрепила личную власть царя, но оставалось еще достаточно сильное боярство. Господствующий класс не достиг пока прочной консолидации. Противоречия обострились в связи с прекращением законной династии, ведшей счет от легендарного Рюрика.

18 марта 1584 г. во время игры в шахматы умер Иван Грозный. Его старший сын Иван был убит отцом в припадке гнева (1581), младшему сыну Дмитрию было лишь два года. Вместе со своей матерью, седьмой женой Ивана IV Марией Нагой, он жил в Угличе, отданном ему в удел. На престол вступил средний сын Грозного – двадцатисемилетний Федор Иоаннович (1584 - 1598), мягкий по натуре и не способный к делам правления государством.

Личность Федора Ивановича, выросшего в обстановке средневековой жестокости, привлекала внимание многих писателей и художников. «Я царь или не царь» - сакраментальная фраза, вложенная в его уста А.К.Толстым, удачно характеризует Федора Иоанновича. Понимая, что престол переходит к блаженному Федору, Иван IV создал при сыне своеобразный регентский совет.

Фактическим правителем государства стал шурин царя боярин Борис Федорович Годунов, на сестре которого был женат Федор. Годунов выдержал ожесточенную борьбу с крупнейшими боярами за влияние на государственные дела. Среди бояр, входивших в регентский совет, были Никита и Федор Никитич Романовы – брат и племянник первой жены Ивана Грозного, а также Иван Петрович Шуйский – отец будущего русского царя.

В 1591 г. при неясных обстоятельствах в Угличе погиб, якобы напоровшись на нож в припадке эпилепсии, последний из прямых наследников престола царевич Дмитрий. Народная молва, а также обвинения, инспирированные противниками Годунова, приписывали ему организацию убийства царевича с целью захвата власти. Однако историки не располагают убедительными документами, которые доказывали бы виновность Годунова.

Со смертью бездетного Федора Иоанновича в 1598 г. прекратилась старая династия. На Земском соборе был избран новый царь. Преобладание на соборе сторонников Бориса Годунова предопределило его победу.