Стремясь уничтожить сепаратизм феодальной знати, Иван IV не останавливался ни перед какими жестокостями. Начались опричный террор, казни ссылки. В Твери Малютой Скуратовым был задушен московский митрополит Филипп (Федор Колычев), осудивший опричный беспредел. В Москве отравлены вызванный туда князь Владимир Старицкий, двоюродный брат царя, претендовавший на трон, его жена и дочь. Была убита и его мать княгиня Евдокия Старицкая в Горицком монастыре на Белом озере. Жесточайшему разгрому подверглись центр и северо-запад русских земель, где боярство было особенно сильным. В декабре 1569 г. Иван предпринял поход на Новгород, жители которого хотели якобы перейти под власть Литвы. По дороге разгрому подверглись Клин, Тверь, Торжок. Особенно жестокие казни (около 200 человек) прошли в Москве 25 июня 1570 года. В самом Новгороде погром длился шесть недель. Лютой смертью погибли тысячи его жителей, были разграблены дома, церкви.
Однако попытка грубой силой (казнями и репрессиями) разрешать противоречия в стране могла дать лишь временный эффект. Она не уничтожила окончательно боярско-княжеское землевладение, хотя сильно ослабила его мощь; была подорвана политическая роль боярской аристократии. До сих пор вызывает ужас и содрогание дикий произвол и гибель многих неповинных людей, ставших жертвами опричного террора. Опричнина привела к еще большему обострению противоречий внутри страны, ухудшила положение крестьянства и во многом способствовала его закрепощению.
В 1571 г. опричное войско не смогло отразить набег на Москву крымских татар, которые сожгли московский посад. Это выявило неспособность опричного войска успешно сражаться с внешними врагами. Правда, в следующем 1572 г. неподалеку от Подольска (село Молоди), в 50 км от Москвы, крымчаки потерпели сокрушительное поражение от русского войска, возглавил которое опытный полководец М.И.Воротынский. в период опричнины Иван Грозный добился резкого усиления своей власти. Осенью 1572 г. опричнина была отменена. Царь даже запретил под страхом смерти упоминать это слово. Но казни продолжались. Теперь Иван Грозный расправлялся с самими опричниками. Опричнина была преобразована в государев двор.
Ряд историков считает, что альтернативой опричнине могли стать структурные преобразования по типу реформ Избранной рады. Это позволило бы, как считают специалисты, разделяющие эту точку зрения, вместо неограниченного самодержавия Ивана IV иметь сословно-представительскую монархию с «человеческим лицом».
Правление Ивана Грозного во многом предопределило ход дальнейшей истории нашей страны – «поруху» 70 - 80-х гг. XVI века, установление крепостного права в государственном масштабе и тот сложный узел противоречий рубежа XVI – XVII вв., который современники называли Смутой.