Упорядочивалась и унифицировалась обрядность на всей территории страны. Даже искусство подлежало регламентации: предписывалось создавать новые произведения, следуя утвержденным образцам, было утверждено оставить в руках церкви все земли, приобретенные ее до Стоглавого собора. В дальнейшем церковники могли покупать землю и получать ее в дар только с царского разрешения. Таким образом, в вопросе о монастырском землевладении утвердилась линия на его ограничения и контроль со стороны царя.

В 1556 г. была проведена реформа местного управления. Она отменила систему кормлений. На местах управления (сыск и суд по особо важным государственным делам) было передано в руки губных старост (губа – округ), избиравшихся из местных дворян, земских старост – из числа зажиточных слоев черносошного населения там, где не было дворянского землевладения, городовых приказчиков или излюбленных голов – в городах. Там, где большинство населения составляли черносошные крестьяне, а также в городских посадских общинах местное самоуправление осуществляли выбранные населением земские старосты и их помощники. В городах избирались городовые приказчики. Выборные органы имели большие права. Они вершили суд, следили за соблюдением законов и порядка, осуществляли сбор податей (денежных налогов). Право самоуправления получило и духовенство. Органы самоуправления защищали интересы избравшего их населения.

Реформы 50-х гг. XVI века способствовали укреплению Российского централизованного многонационального государства. Они усилили власть царя, привели к реорганизации местного и центрального управления, укрепили военную мощь страны.

Стремление Ивана IV выйти к побережью Балтики не встречало поддержку у многих дворян. Даже некоторые члены Избранной рады, в том числе и А.Адашев, считали войну за Прибалтику преждевременной и настаивали на том, чтобы направить все силы на освоение южных и восточных земель. Под влиянием этих настроений царь и согласился на перемирие с Ливонией в 1559 г. Но после неудач русских войск в Литве он многое припомнил боярам и своим бывшим любимчикам. Хотя главной причиной военных поражений была неподготовленность России к большой войне, Иван IV, окрыленный первоначальными успехами, видел причину поражений в изменах своего окружения. Царь никогда не забывал, как в 1553 г. после возвращения из Казанского похода он внезапно тяжело заболел. Встал вопрос о наследнике престола. Иван составил завещание в пользу своего только что родившегося сына Дмитрия (через несколько месяцев ребенок случайно погиб), и потребовал от царедворцев принести ему присягу. Многие из приближенных, в том числе члены Избранной рады, старались уклониться от этой процедуры. Они боялись, что при царе – «пеленочники» вновь начнется боярское своеволье, и предпочитали видеть на престоле двоюродного брата Ивана IV, внука Ивана III, - удельного князя Владимира Андреевича Старицкого. После выздоровления Иван очень изменился. Он стал подозрительным и жестоким. Иван IV, борясь с мятежами и изменами боярской знати, видел в них главную причину неудач своей политики. Он твердо стоял на позиции необходимости сильной самодержавной власти, основным препятствием к установлению которой, по его мнению, были боярско-княжеская оппозиция и боярские привилегии. Вопрос состоял в том, какими методами будет вестись борьба. Острота момента и общая неразвитость форм государственного аппарата, а также особенности характера царя, бывшего, по видимому, человеком крайне неуравновешенным, привели к установлению опричнины. Иван IV расправлялся с остатками раздробленности чисто средневековыми средствами.

В январе 1565 г. из подмосковной царской резиденции села Коломенского через Троице-Сергиев монастырь царь выехал в Александровскую слободу. Оттуда он обратился в столицу с двумя посланиями. Первое послание он направил духовенству и Боярской думе, в котором сообщал об отказе от власти из-за измены бояр и просил выделить ему особый удел – опричнину. Во втором послании, обращенным к посадским людям столицы, царь сообщал о принятом решении и добавлял, что к горожанам у него претензий нет.

Это был хорошо рассчитанный политический маневр. Используя веру народа в царя, Иван Грозный ожидал, что его позовут вернуться на трон. Когда же это произошло, царь продиктовал свои условия. Право неограниченной самодержавной власти и учреждение опричнины. Страна была разделена на две части: опричнину и земщину. В опричнину Иван IV включил наиболее важные земли. В нее вошли поморские города, города с большими посадами и важные в стратегическом обращении, а также наиболее экономически развитые районы страны. На этих землях поселились дворяне, входившие в опричное войско. Его состав вначале был определен в 1000 человек. Содержать это войско должно было население земщины. В опричнине параллельно с земщиной сложилась собственная система органов управления. Опричники носили черную одежду. К их седлам были приторочены собачьи головы и метлы, символизировавшие собачью преданность опричников царю и готовность вымести измену из страны.