В 1933г. был учреждён Комитет по заповедникам при Президиуме ВЦ?К, преобразованный в 1939г. в Главное управление по заповедникам при Совнаркоме СФС. В 1935-40гг на территории Ф было создано более 10 государственных заповедников. Широкомасштабные преобразования, происходившие в то время в стране, заставили сотрудников заповедников наряду с научной работой заниматься решением практических задач: акклиматизацией растений и животных, закладкой ферм, питомников и плантаций различного профиля и др.
В годы Великой Отечественной войны многие заповедники оказались на оккупированной территории и понесли тяжёлый урон, однако ни один из них не был закрыт. Более того, в 1943 году организованно 2 новых заповедника, в 1945 - 6. В первые послевоенные годы возникли пять новых заповедников в Подмосковье (до наших дней из них сохранился только Приокско-Террасный), на северном берегу ыбинского водохранилища (Дарвинский), в Свердловской обл. (Висим и Денежкин Камень), в Забайкалье (Читинский), а также на Сахалине (Средне- и Южно-Сахалинский).
С серьёзными трудностями столкнулось заповедное дело в 1950-60-х гг., когда был принят ряд необоснованных решений о реформировании системы заповедников. В августе 1951 года Сталин подписал постановление, предписавшее закрыть 88 из 128 заповедников ССС. В результате реорганизации в 1951г. число заповедников сократилось более чем вдвое, а их общая площадь уменьшилась с 120 тыс. до 10 тыс. кв. км. Прокатившаяся по стране волна очередных репрессий не пощадила и защитников природы, заповедники считались иждивенцами на шее государства. Какой от них толк, если видимой прибыли не приносят? В 1951г. было упразднено большинство крупных заповедников Сибири и Дальнего Востока (в их числе Алтайский, Кондо-Сосвинский, Кроноцкий, Саянский, Читинский). Сохранившиеся заповедники, территории которых были сокращены до минимума, получили более низкий статус научно-опытных станций, ориентированных на решение конкретных задач сельского, лесного и охотничьего хозяйства. На выведенных из-под заповедного режима территориях резко усилилась хозяйственная деятельность. убили лес, косили траву, стреляли зверя, ловили рыбу. Пострадала производственная и материально-техническая база заповедников; конторы, научные помещения, жильё, транспорт перешли в руки новых хозяев. Прервались многолетние исследования, исчезли бесценные архивы. Понесли урон профессиональные кадры. Моральные, нравственные издержки тоже задержали процесс развития природоохранного дела. Ликвидация всех Главных управлений по заповедникам при Советах Министров союзных республик привела к существенным нарушениям системы управления заповедниками и обеспечения их научной деятельности.
