На большую высоту поднял Щепин фармацевтическую подготовку лекарей. Ввел преподавание рецептуры и добился узаконения практики лекарских учеников в аптеке. Заказал Томы по фармацевтики и анатомии из-за границы. Принятые в этом направлении Щепиным меры, несомненно, способствовали повышению общей культуры последующего поколения врачей. В ноябре 1765 года здание анатомического театра Щепинской школы сгорело. Были уничтожены превосходные препараты, оборудование и инструменты. В 1764 году Щепин был отправлен в Петербург в качестве преподавателя анатомии и хирургии в одной из госпитальных школ, тем самым закончился самый плодотворный этап в жизни ученого, связанный с Московской госпитальной школой.

У Щепина за время его работы накопилось много врагов, которые всячески портили ему жизнь. Непосильная борьба с трудностями, без всякой поддержки с чьей бы то ни было стороны, подорвала здоровье Щепина. В октябре 1765 года Щепин начал чтение лекций на русском языке. Это было для него в новинку, так как он раньше читал свои лекции на иностранных языках. Щепин тяжело переживает разлуку с Москвой. Состояние здоровья Щепина в 1766 году ухудшилось, и он был отстранен от преподавания. Щепин был неудобен высоким медицинским чинам из-за его взглядов и неудержимости характера. Все они отравляли жизнь ученого.

В 1766 -1767 годах Щепин совершает путешествие по странам Юго-Восточной Европы, где собирает богатую коллекцию редких растений. Возвратясь в Москву он возобновляет попытки реабилитации. 5 июня 1767 года по велению Екатерины 2 Щепину была разрешена лечебная практика и преподавание в России.

В 1770 году он поехал в Киев на борьбу с чумой и сам стал жертвой этой болезни. Так трагически погиб в сравнительно молодом возрасте Константин Иванович Щепин – ученый, горячий патриот и верный сын своего народа. Все труды К.И. Щепина сгорели при пожарах в 18 и 19 веках.