По прибытии в Петербург Щепин произвел на Кондоиди самое благоприятное впечатление, но для получения права практики в России Щепину надлежало подтвердить свой «докторский градус» на официальном экзамене, как этого требовал закон. Щепин, в 1759 году, сдал его отлично, и ему было дано разрешение на медицинскую практику на территории Российской империи.
Для приобретения практики ему была предоставлена палата в Петербургском сухопутном госпитале. Также Щепин присутствовал на экзаменах лекарей и аптекарей, попутно руководя несколькими студенческими группами. В апреле 1760 года Щепину было поручено заняться обустройством госпиталя в связи с большим количеством больных.
В процессе клинической практики Щепину становилось ясно, что лечение больных нельзя проводить по шаблону, поскольку люди отличаются друг от друга возрастом, полом, темпераментом, образом жизни. Правда, в распоряжении медицинской науки того времени не было систематизированных наблюдений о зависимости методов лечения от индивидуальности больного. Терапевтическая практика не отличалась разнообразием. И если часть врачей видела смысл лечения в лекарствах, стремилась найти лекарства большой целебной силы путем смешения многих лекарственных веществ, то другая часть направляла свои усилия на внедрение в лечебный обиход средств народной медицины. Щепин стремился действовать логически, пытаясь подыскать объяснение тому или иному лечебному приему. Это способствовало росту его авторитета, как преподавателя. 1759 г. обогатил Щепина опытом лечебной работы. Перед ним со всей остротой встал вопрос, каким образом с наибольшей полнотой реализовать приобретенные знания. Но во время войны России с Пруссией Щепин был вынужден уйти в распоряжение военного командования. Щепин начал подготовку военных врачей. В августе 1760 года, по собственному желанию, Щепин был отправлен на фронт в качестве дивизионного доктора. Он был направлен в Бишофсвердерский полевой госпиталь, где проявляет большую заботу о своих пациентах, воплощая на практике свои великолепные на тот момент знания. Вместе с победоносными русскими войсками Щепин вступил в Берлин. Санитарное обслуживание в русских войсках в течение «семилетней войны» впервые было на уровне, во многом эта заслуга принадлежала наставнику Щепина, П.З. Кондоиди.
Период с 1760 по 1761 год Щепин провел в напряженной работе. Сотни раненых и больных прошли через его руки за это время. Война дала Щепину богатейший практический опыт. Этот опыт должен был служить в дальнейшем более целеустремленной подготовке новых врачей. Заботясь о своей будущей службе, он указывает в первую очередь преподавательские должности как наиболее подходящие для себя. Только в январе 1762 года Медицинская канцелярия разрешила ему вернуться в Петербург. 8 марта этого же года Константин Иванович Щепин был назначен преподавателем анатомии, физиологии и хирургии в Московской госпитальной школе. Свое назначение в Москву на профессиональную должность Щепин рассматривал как ответственное и весьма серьезное дело, отныне он становился профессором. На этом поприще Щепин проделал колоссальную работу.
В исполнение своих обязанностей руководителя госпитальной школы при Московском генеральном госпитале Щепин вступил 20 марта 1762 года. Необычайная жажда деятельности, владевшая им, помогла ему быстро войти в курс событий, всколыхнуть атмосферу равнодушия, окружавшую дело подготовки лекарей в госпитале. Всего в ведение Щепина насчитывалось 65 учащихся. Они распределялись на подлекарей, лекарских учеников 1, 2 и 3 подготовительных классов и волонтеров. Подавляющее большинство учащихся составляли русские и украинцы, прибывшие из самых различных мест: Киева, Казани, Пскова, Стародуба, Чернигова и других городов. Средний их возраст был от 20 до 25 лет.
Щепин предложил свой план и распорядок занятий, которые были утверждены, и Щепин приступил к использованию этого плана. Владея анатомической техникой, Щепин обучил своих помощников - операторов Елачича и Энгеля – искусству изготовления анатомических препаратов. Щепин нередко сам готовил препараты, в своих лекциях он впервые использовал данные микроскопической анатомии. Под руководством Константина Ивановича студенты должны были отработать все операции на трупах. В процессе обучения хирургии ученики использовали свои навыки владения инструментами сначала на трупах, а потом и на живых больных.
Особо следует упомянуть заботы Щепина о ведении учащимися историй болезни. Щепин систематически устраивал клинические обходы больных госпиталя. Эти обходы, так же как и дежурства у постели больных, воспитывали у учащихся наблюдательность и умение самостоятельно решать вопросы лечения. Практика в госпитале перемежалась с присутствием на лекциях по клинической медицине и фармации. Все эти дисциплины вел один Щепин! Рабочий день Щепина в связи с этим продолжался с утра до вечера. Всемерно заботясь об улучшении преподавания, Щепин в первую очередь достиг того, что его ученики основательно изучили анатомию. Щепин сделал обязательным изучение студентами трупа, до него этому вопросу не уделяли большого внимания. Ученики Щепина могли ассистировать в операциях еще до выпуска из медицинской школы. Выпускники Щепинской школы были на порядок выше в своих знаниях, чем их коллеги из-за рубежа.
