Другой страшной повальной болезнью периода Классического Средневековья была чума. В истории чумы известны три колоссальные пандемии. Первая – «чума Юстиниана», которая, выйдя из Египта, опустошила почти все страны Средиземноморья и держалась около 60 лет. В разгар эпидемии в 542 году только в Константинополе ежедневно умирали тысячи человек. Вторая и самая зловещая в истории Западной Европы пандемия чумы – «черная смерть» середины XIV в. Третья – пандемия чумы, начавшаяся в 1892 г. В Индии (где погибло более 6 млн человек) и отразившаяся эхом в XX в. на Азорских островах, в Южной Америке и других районах земного шара, где долго не умолкал ее черный звон.
«Черная смерть» 1346 – 1348 гг. была завезена в Европу через Геную, Венецию и Неаполь. Начавшись в Азии, она опустошила Фракию, Македонию, Сирию, Египет, Кипр, Сицилию, территорию современных государств Италии, Греции, Франции, Англии, Испании, Германии, Польши, России. Гибель заболевших наступала через несколько часов после заражения. В Кесари никто не остался живым, в Неаполе умерло около 60 тысю человек, в Генуе – 40 тыс. (50% населения), в Венеции – 100 тыс. (70 %), в Лондоне – 90 %. Живые не успевали хоронить мертвых.
Такие народные бедствия, как война или голод, «кажутся ничтожными пред ужасами повальной болезни, которая по умеренным подсчетам похитила по всей Европе около трети жителей», - писал немецкий историк медицины Г. Гезер. Всего на Земном шаре в XIV в. погибло от чумы более 50 млн человек.
Задолго до разработки научного обоснования мер борьбы с инфекционными болезнями в средневековой Европе стали применять закрытие гаваней, задержание людей и товаров на прибывавших кораблях в течение 40 дней, откуда и возник термин «карантин» (итал. Quarantena; от quaranta gironi – сорок дней). Первые карантины были введены в портовых городах Италии в 1348 г. В 1403 г. На острове св. Лазаря близ Венеции были организованы лазареты для заболевших на морских судах во время карантина; к 1485 г. была разработана целая система морских карантинов и лазаретов, в которых лечили больных и изолировали людей, прибывших из зараженных местностей и стран. Так были заложены первые основы будущей карантинной службы.