После перехода больниц попечительного Совета в ведение города Дума избрала в 1886 г. Б. почетным попечителем всех городских больниц и богаделен. Стараниями Б. больницы стали перестраивать свою работу по примеру барачной больницы.

Б. обращал внимание на постановку дела и в богадельнях. Он хотел их использовать для изучения болезней старческого возраста и в особенности преждевременной патологической старости. По инициативе Б. и по его непосредственным указаниям летом 1889 г. было произведено подробное, насколько возможно, клиническое исследование почти 3000 призреваемых. Разработка полученного материала производилась уже после смерти Б. Петербургская городская дума увековечила память Б., наименовав барачную больницу на Александровском плацу «Боткинской городской барачной больницей» (1890).

За 29 лет своей профессорской деятельности Б. подготовил 103 ординатора, из к-рых 85 защитили диссертации на степень доктора медицины. 37 из его учеников было присвоено звание профессора, из них 25 по терапии (А. А. Нечаев, М. В. Яновский, П. Я. Чистович и др.), а 12 — по другим дисциплинам. Б. придавал большое значение прохождению терапевтической школы для последующей специализации по различным дисциплинам. У него прошли подготовку по терапии А. Г. Полотебнов, Т. П. Павлов (дерматология и венерология), Н. П. Симановский, А. Ф. Пруссак, Б. В. Верховский (оториноларингология), Т. И. Богомолов (медицинская химия), И. В. Забелин (фармакология), К. В. Ворошилов, И. П. Павлов (физиология), Д. А. Соколов, В. Н. Рейтц (педиатрия), С. П. Лукьянов (патология).

Концепции Б. получили широкое распространение и должную оценку особенно после Великой Октябрьской социалистической революции. Советская медицина, пользуясь созданной Б. теорией нервизма, обогащенной П. П. Павловым, разрабатывает важнейшие проблемы внутренней медицины. Среди советских ученых, которые приложили немало усилий для применения идей Боткина — Павлова в медицине, особое место занимают В. П. Образцов, Н. Д. Стражеско, М. П. Кончаловский, М. В. Яновский, Г. Ф. Ланг, С. С. Зимницкий, Р. А. Лурия.