Бурная полемика и многочисленные исследования, предпринятые после открытий Мечникова и Эрлиха, привели к весьма плодотворным результатам: было установлено, что иммунитет определяется как клеточными (фагоцитоз), так и гуморальными факторами. Таким образом, было создано стройное учение об иммунитете, а его авторы И. И. Мечников и П. Эрлих были удостоены Нобелевской премии (1908 г.).
Этиологическое направление в медицинской микробиологии связано прежде всего с деятельностью одного изосновоположников бактериологии
— немецкого ученого Роберта Коха
(Robert Koch, 1843—1910 гг., рис. 186). Изучая специфические возбудители различных болезней, Кох создал лабораторную бактериологию и определил стратегию исследований. Он разработал плотные питательные среды для выращивания чистых бактериальных культур (1877 г.) и сформулировал критерии взаимосвязи между возбудителем и инфекционным заболеванием — «триаду Коха».
Кох первым окончательно установил этиологию сибирской язвы (1876 г.), открыл возбудители туберкулеза (1882 г.) и холеры (1883 г.), которую он изучал в Египте и Индии. В тропической Африке он исследовал чуму, малярию, трахому, тропическую дизентерию и возвратный тиф. Изучая туберкулез, он получил туберкулин — глицериновый экстракт чистой культуры микобактерий туберкулеза, который оказался ценным диагностическим средством. «За исследования и открытия в области туберкулеза» Роберт Кох был удостоен Нобелевской премии (1905 г.).
Достижения в области микробиологии открыли большие перспективы для развития промышленности (от изготовления уксуса, вина и пива во Франции времен Пастера до синтеза биологически активных веществ), сельского хозяйства (развитие шелководства, борьба с эпизоотиями, сохранение продуктов), сделали возможной научно обоснованную борьбу с инфекционными заболеваниями и их успешную специфическую профилактику (изготовление вакцин, сывороток и т.п.).