Развитие торговли с соседними странами постоянно расширяло познания русских людей об иноземных лекарственных средствах. Но она имела и свою обратную сторону. Торговые ворота страны часто открывали путь страшным эпидемиям, которые в Средние века опустошали и разоряли многие государства Европы. В нашей стране такими воротами были крупные торговые города Псков и Новгород. За короткий период XIV-XVвв. Русские летописи сообщают о 12 эпидемиях, разразившихся в них. Легкость их возникновения, огромная смертность и бессилие человека в борьбе с «моровыми поветриями» поражали умы и усиливали суеверия.
К концу XIV в. взаимосвязь между эпидемиями в торговых городах и прибытием в них иноземных судов и караванов стала очевидной.
Частые эпидемии «повальных» болезней, мысль о «прилипчивости» заразы привели к введению предохранительных мер на Руси. Сначала это выражалось в изоляции больных и оцеплении неблагополучных мест. Умерших погребали «в тех же дворах, в которых кто умрет, во всем платье и не чем кто умрет». Общение с зачумленными домами прекращалось, их жителей кормили с улицы через ворота. Так, во время эпидемии чумы 1521 г. в г. Пскове «князь Михайло Кислица велел…улицу Петровскую заперети с обою концов, а сам князь побеже на руху в паствище» (Псковские летописи).
Когда эпидемия охватывала весь город, на дорогах, ведущих к нему, организовывали заставы; во время мора в Новгороде «бысть застава на Псковской дороге, чтобы гости с товарами не ездили во Псков, ни изо Пскова в Новгород».
Для уничтожения заразы в домах применяли давние народные средства: вымораживание, сжигание и окуривание дымом, проветривание, мытье. Однако по сути дела все эти меры были элементарными приемами народной самозащиты, имея целью прежде всего изоляцию мест, пораженных эпидемией, т.е. носили местный характер.
Царские указы (XVI-XVII вв.) также были направлены на изоляцию зараженных мест и воспрепятствование продвижению заразы по стране, особенно к столичному городу. Их главной задачей было спасение государя и войска.
За период с 1654 по 1665 г. было подписано более 10 специальных царских указов «о предосторожности от морового поветрия», а во время чумы 1654-1655 гг. повелевалось устанавливать на дорогах заставы и засеки, через которые никого не разрешалось пропускать под страхом смертной казни, невзирая на чины и звания. Здесь же на заставах сжигали на кострах зараженные предметы, а деньги промывали в уксусе. Письма по пути их следования многократно переписывали, а подлинники сжигали.
В XVI в. умирающих во время мора стали хоронить за чертой города. Так, уже в 1572 г. во время мора в Новгороде погребение в городе было запрещено; тела умерших приказывалось уносить на шесть верст вниз по течению р. Волхов и хоронить там, вдали от жилых мест и питьевых источников. В начале XVII в. во время мора в Москве царь Борис Годунов (1598-1606 гг.) повелел выделить для захоронения умерших специальных людей, «кому те трупы забирати».
Священникам под страхом смертной казни запрещалось причащать умерших. Лечцов к заразным не допускали. Если же кто-либо из них случайно посещал «прилипчивого» больного, он был обязан известить об этом самого государя и сидеть дома «впредь до царского разрешения».
Во время мора прекращались ввоз и вывоз всех товаров, а также работы на полях. Все это приводило к неурожаям и голоду, который всегда шел вслед за эпидемией. Появлялись цинга и другие болезни, которые вместе с голодом давали новую волну смертности.
Были известны предохранительные меры против оспы. Крестьяне Казанской губернии растирали оспенные струпья в порошок, вдыхали его, а затем парились в бане. Как правило, после искусственного заражения заболевание оспой проходило в легкой форме. Однако в ряде случаев после оспопрививания развивалась тяжелая форма болезни, иногда со смертельным исходом.
Медицина того времени все еще была бессильна перед эпидемиями, и тем больше значение имели первые государственные карантинные мероприятия, которые начали вводится в то время в Российском государстве. Их развитие в значительной степени связано с деятельностью Аптекарского приказа, учрежденного при царском дворе не позднее 1620 г.