История эпидемий в эпоху Позднего Средневековья характеризуется двумя факторами: с одной стороны, намечается некоторое ослабление «старых» болезней – проказы и чумы, а с другой – появляются «новые» болезни (сифилис, английская потовая горячка, сыпной тиф).

В конце XV – начале XVI в. всю Европу охватила эпидемия сифилиса. В начале XVI столетия о нем написали Парацельс, Г Фалопий и другие ученые. По морским и сухопутным торговым путям сифилис распространился за пределами Европейского континента. Публичные бани, которые широко рекомендовались в то время в гигиенических и лечебных целях, в связи с эпидемией сифилиса были закрыты.

Причины этой мощной эпидемии еще недостаточно изучены. Одни ученые полагают, что сифилис был завезен в Европу после открытия Америки. В качестве доказательства приводится описание (1537 г.) испанского врача Диаса де Ислы, который лечил прибывших с о. Гаити людей из экипажа Колумба. По мнению большинства других ученых, сифилис уже существовал у народов Европы с древнейших времен. Доказательством этой версии служат описания античных авторов, средневековых врачей и результаты археологических раскопок могильников в разных районах Европы и Азии. По всей вероятности, сифилис издавна существовал в Европе, Азии и Америке, а внезапная эпидемия конца XV – начала XVI столетия в Европе была обусловлена длительными войнами, массовыми передвижениями людей, а возможно, и появлением нового штамма возбудителя, завезенного с Американского континента.

В то же время в Америку в процессе конкисты были завезены новые, неизвестные там ранее болезни. Среди них оспа – оспа. Эта печальная страница истории континента становится еще более трагической в связи с тем, что конкистадоры использовали инфицированную оспой одежду в целях истребления непокорных аборигенов. В этой жестокой бактериологической войне погибли миллионы коренных жителей, многие районы Америки совершенно обезлюдели.

Смертность от оспы в то время была чрезвычайно высокой. До введения оспопрививания по методу Э.Дженнера (1796 г.) только в Европе ежегодно оспой заболевало около 10 млн человек, их которых умирало от 25 до 40%.

Причины эпидемий в Средние века становились непонятны. Огромные размеры приносимых ими бедствий и беспомощность человека вызывали величайшее смятение и суеверный ужас.

«Порой приходится видеть, как почва внезапно колеблется под мирными городами и здания рушатся на головы жителей, - писал французский историк медицины Э.Литтре. – Так же внезапно и смертельная зараза выходит из известной глубины и своим губительным дуновением срезает человеческие поколения, как жнец срезает колосья. Причины неизвестны, действие ужасно, распространение неизмеримо: ничто не может вызвать более сильной тревоги. Чудится, что смерть будет безгранична, опустошение будет бесконечно и что пожар, раз вспыхнув, прекратится только за недостатком пищи…»

Одни ученые связывали эпидемии с землетрясениями, которые, как утверждал немецкий историк медицины Г.Гезер, «во все времена совпадали с опустошениями от повальных болезней». По мнению других (их было большинство), эпидемии вызываются «миазмами» - «заразными испарениями», которые «порождаются тем гниением, которое совершается под землей», и выносится на поверхность при извержении вулканов. Третьи думали, что развитие эпидемий направляется особым положением звезд, поэтому иногда в поисках астрологически более благоприятного места люди покидали пораженные города, что в любом случае уменьшало опасность их заражения.