Клиника хронического перикоронарита скудна. Он, как правило, сопутствует прорезыванию нижних зубов мудрости, занимающих неправильное положение. В отличие от острого перикоронарита пальпация и прикосновение к капюшону менее болезненны. Рот открывается свободно. Хроническому перикоронариту обычно сопутствует хронический, нерезко выраженный лимфоаденит. Из-под капюшона выделяется скудное серозно-гнойное отделяемое. Процесс развивается незаметно, исподволь. Однако он может обостриться, вызывая бурные воспалительные явления.

Прорезывание нижнего зуба мудрости в течение нескольких месяцев, а то и лет, создаёт условия для длительной и постоянной травматизации лоскута слизистой оболочки, покрывающей коронку зуба. Капюшон подвергается рубцовому перерождению, что ещё более затрудняет прорезывание. Такой длительный процесс прорезывания вызывает в области коронки зуба, главным образом между нею и ветвью нижней челюсти, развитие грануляционной ткани с большим количеством мелких секвестров. Благодаря наличию грануляций происходит лакунарное рассасывание кости.

На рентгенограмме нижней челюсти наличие грануляционного очага выглядит как участок разрежения костной ткани. Иногда такое разрежение локализуется не только у коронки зуба, но тянется вдоль его корня. В большинстве случаев эта щель приобретает полулунную форму и имеет чёткие границы.

При затруднённом прорезывании, помимо указанных осложнений, встречаются также мигрирующие гранулёмы.

Патогенез объясняется проникновением грануляций при хроническом перикоронарите из-под капюшона зуба мудрости в подкожную клетчатку лица, чаще щёчной области. При этом они могут достигать кожи и образовывать в ней свищевые ходы с вялыми грануляциями. В подкожной клетчатке формируются вяло протекающий воспалительный процесс с обильным образованием грануляций и небольшого скопления гноя. В этом участке кожа истончается, изменяется в цвете, приобретает синюшный оттенок. В дальнейшем здесь периодически открываются свищи со скудным гнойным или кровянисто-гнойным выделением.