Везалия привлекала Венецианская республика. Здесь церковь была менее тяжела, чем в других странах. В Испании церковь была всемогуща. Прикосновение ножа к трупу человека считалось осквернением умершего, и было совершенно невозможно; в Бельгии и во Франции возможности вскрывать трупы были затруднены и ограничены.

В медицинской школе Падуи начался расцвет гуманизма и прогрессивной науки. Все это чрезвычайно привлекало Везалия, поэтому он решил посетить Венецию и Падуанский университет.

Университет в Падуе, созданный в 1222г., имел огромное влияние на интеллектуальную жизнь Европы того времени. В Падуе под руководством профессора медицины Джамбаттиста да Монте (Монтана 1489-1551),стал заниматься практической медициной, совмещая ее с анатомическими занятиями. Везалий успешно сдает экзамены, так как в Падуе были известны его труды « Анатомических установлений» Гюнтера и « Парафраз» Рази. Талант и знание привлекли внимание профессоров университета.

Везалию зачли его прежние труды, которые ему дали степень не только бакалавра, но даже доктора медицины. В 23 года Везалий стал профессором хирургии с правом преподавания. Занимая должность профессора хирургии университета в Падуе, Везалий имел возможность реализовать свои педагогические идеи и широко развернуть научные исследования в анатомии. Без промедления он начал ломать сложившийся метод преподавания анатомии.

Первая задача – получить разрешение производить вскрытие трупов и добиться регулярного поступления трупов казненных преступников.

Вторая задача - обучить искусству препарирования студентов. Третья задача - вооружить студентов учебными пособиями. Но учебник Мондино не удовлетворял его. Труды Галена изобиловали ошибками. Ни одна из книг не содержала иллюстрированного материала. Так родилась мысль о создании иллюстрированных таблиц.

Во время преподавания анатомии Везалий не доверял демонстраторам, он сам производил вскрытия и демонстрировал органы и подробности структур. Лекции Везалий читал не по книге, а по трупу и скелету. До него этого никто не делал, так как труп расчленял цирюльник, а лектор по книге читал лекцию.