Андрей Везалий родился в Брюсселе 31 декабря 1514г. Он происходил из рода Витингов, живших долгое время в Нимвегене. Несколько поколений семьи, в которой родился Везалий, были учеными медиками и знатоками исторического значения. Прапрадед Везалия Петр, известный врач и собиратель медицинских трактатов, написал комментарий к четвертой книге «Канона врачебной науки» великого энциклопедиста Востока Абу - Али Ибн – Синны (Авиценны). Прадед Везалия преподавал в университете Лувена. Отец Везалия Андрей, был аптекарем при дворе Карла V. Младший брат Везалия Франциск тоже изучал медицину и стал врачом.

Везалий рос среди врачей, посещавших дом его отца. Он с юных лет пользовался богатой библиотекой медицинских трактатов, собиравшейся в семье и переходившей из поколения в поколение. Благодаря этому у юного Везалия появился интерес к медицине.

По окончании начальной школы Везалий поступил в Лувенский университет, где преподавались древние языки - греческий и латинский, а также математика, но Лувенский университет не был центром гуманитарного образования. В 1531г. Везалий перешел в Педагогический колледж, основанный в Лувене в 1517г. Здесь изучение языков было более тщательным. Этими языками были – греческий, латинский и древнееврейский. Прилежно изучая в Лувенском университете цикл классических и риторических наук, Везалий рано обнаружил склонность к медицине, в особенности к анатомии. В свободное от университетских занятий время он с огромным увлечением вскрывал и тщательно препарировал домашних животных. В 17 лет Везалий выразил желание изучать медицину в Париже.