Доказательством того, что Везалий сожалел об отходе от науки и стремился к продолжению анатомических занятий служит его письмо Фаллопию, которое адресат уже не успел прочитать. Вот что писал Везалий. «Мой дорогой Фаллопий! Уже три дня прошло, как я получил Ваши анатомические описания благодаря любезности Эгидуса Дукса, врача из Брюсселя. Вы можете догадаться, как сильно они обрадовали меня: ведь они сделаны Вами — знатоком анатомии . К тому же они присланы мне из наиболее достохвальной во всем мире Падуанской школы, где я почти 6 лет проводил занятия.
Вы, конечно, осведомлены о том, каков был мой метод достигать знания анатомии человека, установленный там, где сейчас находитесь Вы. И Вы представляете также, что строение тела человека так замечательно и так изменчиво, что исследователи всегда обнаруживают что-нибудь новое, изучая еще недостаточно выясненные органы вместе с их неизвестными функциями и пользой. Поэтому Вы не должны удивляться тому пылу и радости, с которыми я принял Ваши научные труды . Таким образом, позабыв все остальное, я поглощал все Ваши заметки и посвятил себя целиком этому неожиданному чтению Андрей Везалий. О том, что прочитанное полностью оправдало мои безмерные ожидания, а достигнутое Вами совершенно и по достоинствам совпало с теми представлениями, которые я сам приобретал в изучении тайн природы, для Вас будет очевидно из этого интимного письма .»
«Что касается меня, то я чувствую, что орнаменты нашего искусства начинаются на той арене, от которой я, как молодой человек, был отлучен к обычной медицинской практике, к войнам и к непрерывным путешествиям. И я вижу завершение тех вещей, которым я дал безупречные основы в соответствии с моими способностями и в том виде, в каком позволяли мой возраст и здравый смысл».
«И если я когда-нибудь получу возможность препарировать трупы, возможность которая здесь полностью отсутствует, так как здесь я не мог достать даже черепа, я попытаюсь вновь изучить все строение человеческого тела и целиком пересмотреть мою книгу».
Желание созрело, согласие на возвращение в Италию получено. Но прежде надо искупить свои «грехи». Везалию надлежит съездить в Палестину к «святым местам», чтобы доказать свою преданность церкви. Это путешествие в 1564 г. закончилось трагически. Оказавшись в результате кораблекрушения в Средиземном море на острове Занте, больной, всеми покинутый Везалий в октябре 1564 г. скончался.
Смерть Везалия развязала руки его врагам. Зависть и ложь, насмешки и клевета, попытки снова поднять на щит галенизм, подделки и плагиаты — все обратилось против памяти великого анатома. Реакция не дремала. Инквизиция и орден иезуитов обрушивали гнев на свободомыслие. Учреждается строгая цензура на книги и на мысли. Анатомия в духе Везалия рассматривается как выпад против религии. Недостойную роль в дискредитации своего учителя выполняет римский анатом Евстахий, выпустивший в 1564 г. книгу. Он открыто призывает возвратиться назад к Галену и Гиппократу. Он считает, что лучше заблуждаться с Галеном, чем следовать вместе с его противниками. Вместе с Везалием Евстахий порочит имя Фаллопия, в опровержении многих фактов становится на путь фальсификации, но его собственные труды оказываются оружием против Галена.
В Падуе с 1565 г. атаки на Везалия направляет Фабриций из Аквапенденте. Талантливый анатом, ученик Фаллопия, он из честолюбия противопоставляет свои открытия открытиям Везалия, спекулируя на восстановлении поруганной якобы чести Галена.
Французские анатомы дискредитируют Везалия, переоценивая заслуги Сильвия и Шарля Эстьена, который почти одновременно с Везалием напечатал свою книгу.
Профессор анатомии Павийского университета Габриель Кунеус в 1564 г. выпустил книгу, в которой привел некоторые абзацы из письма Везалия Фаллопию. Врач Гарданус несколькими десятилетиями позже вообразил, что эта книга принадлежит Везалию, скрывшему свою фамилию под псевдонимом. Слабая работа, содержавшая грубые ошибки, никакого отношения к Везалию не имела. Между тем последующие биографы вплоть до XIX века продолжали ссылаться на нее при анализе творчества Везалия.
