В доме родителей на одной из окраинных улиц Брюсселя, где прошло детство Андрея, все напоминало о жизни достославных предков. В библиотеке хранились толстые рукописи, оставшиеся еще от прапрадеда. Постоянной темой разговоров были события из медицинской жизни. Отец часто выезжал по делам и по возвращении рассказывал о своих встречах с высокопоставленными клиентами. Мать, окружавшая Андрея заботой и лаской, рано начала читать сыну медицинские трактаты. Будучи культурной женщиной, она всегда старалась уважать медицинские традиции дома. Очень рано Андрей проникся уважением к семейным реликвиям и любовью к медицинской профессии. Детские годы во многом предопределили направление мысли Андрея Везалия. Впечатления, почерпнутые из книг, влекли мальчика на путь самостоятельного изучения природы. Интерес к исследованию строения тела домашних животных натолкнул его на решение заниматься рассечением трупов мышей, птиц, собак.
Элементарное домашнее обучение не могло быть основательным. В 1528 г. Везалия устраивают учиться в коллегиум в Лувене. Там он прошел курс натуральной философии. Затем он переключился на изучение греческого, арабского и еврейского языков в специальном коллегиуме. Но лишь греческий и латинский языки по-настоящему увлекают его. Здесь он добивается крупных успехов.
Не подлежит сомнению, что на Везалия в этот период оказал влияние его учитель Гунтер из Андернаха (он же Гонтье по французским источникам) -— большой знаток латинского и греческого языков. Этот ученый медик и филолог вскоре покинул Лувен и переехал в Париж, заняв должность профессора медицины в университете. Может быть это обстоятельство и сыграло свою роль в решении Везалия направиться для продолжения образования в Париж.