Иннервация глотки довольно сложная. Двигательные волокна получаются от третьей ветви тройничного нерва; от языкоглоточного и блуждающего нервов.

В глотке скрещиваются 2 пути – дыхательный и пищеварительный. Роль «стрелок» на этом скрещивании играет мягкое небо и надгортанник.

При носовом дыхании мягкое небо опущено и воздух свободно проходит из носа через глотку в гортань и дыхательное горло (надгортанник в это время приподнят). Во время глотания мягкое небо приподнимается, прикасается к задней стенке глотки и разобщает среднюю часть глотки и носоглотку; надгортанник в это время опускается и прикрывает вход в гортань. Благодаря такому механизму исключается возможность проталкивания пищевого комка в носоглотку и нос, а также попадания пищи в гортань и дыхательное горло.